原子由质子，中子，电子构成，那么所有原子里的质子都是一样的吗？

题主想要问的是不同原子中的电子、中子、质子之间是否有不同的区别吧？
答案是：目前认为是一样的。
物质结构的不同，是根据基本元素的种类和排列而呈现不同；基本元素是根据原子

题主想要问的是不同原子中的电子、中子、质子之间是否有不同的区别吧？

答案是：目前认为是一样的。

物质结构的不同，是根据基本元素的种类和排列而呈现不同；基本元素是根据原子种类组合而表现不同；原子的种类是根据其电子、中子、质子数量的不同而有所区别，原子的化学性质和属于何种化学元素的关键是原子核中的质子数目。也就是说物质呈现化学性能不同的最小单位是原子，而各种原子中的粒子体现不出性能区别，只能观察得到数目的不同而让原子呈现整体差异。

但是，随着量子力学的发展，随着观测技术和仪器的进步，目前已可将强子（包括但不仅限于中子和质子）分为夸克，有着多种不同的内在特性，包括电荷、色荷、自旋及质量等。

假如未来有个科学家姝子发现另外的能决定物质物理量的微粒子，并把它命名为姝子。而且姝子还具有不同的特性，以决定物质除了既有的物理量的分配机制。（比如暗物质是否具有其他隐性物理量，并能影响既有粒子性能）那么答案就会是不一样了。（刚好名字里有子，只是顺便举个例子(*^ω^*)）