公司合并后仲裁协议是有效的。公司合并后并不影响仲裁协议的效力,由合并后存续的公司履行。如果不履行的,权利人可以向人民法院申请强制执行。根据法律规定,公司合并时,合并各方
法律依据
《中华人民共和国公司法》第一百七十四条
《中华人民共和国仲裁法》第五十七条、第六十二条