在股权转让协议纠纷中,如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的,应适用其约定;没有约定或约定不明,应适用法律规定,即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
法律依据
《民事诉讼法》
第二十四条因合同纠纷提起的诉讼,由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。