1、可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉,管辖法院应该是区或者县人民法院。2、拖欠工程款属于民事纠纷,清欠办只负责农民工工资,所以应该在应付工程款之日起两年内到法院
法律依据
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十条规定: