相关人员贪污新型农村合作医疗款可以向其管理机关财政部门、卫生行政部门以及经办机构进行投诉、控告,并且请求依法处理相关责任人,以维护自身的合法权益。
法律依据
《新型农村合作医疗基金财务制度》
第四十条单位和个人有下列行为之一的,责令限期改正。对单位及其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依照《财政违法行为处罚处分条例》等有关法律、法规追究法律责任:
(一)截留、挤占、挪用、贪污基金;
(二)擅自提高或降低农民个人缴费标准,擅自变更支出项目、调整支出标准;
(三)未按时将基金收入存入财政专户;
(四)未按时足额将基金从财政专户拨付到支出户或办理结算;
(五)未按规定及时足额补偿医药费用;
(六)其他违反国家法律、法规规定的行为。