在船舶登记机关查询。根据船舶登记条例的规定,船舶登记机关应当建立船舶登记簿。船舶登记机关应当允许利害关系人查阅船舶登记簿。所以,船舶登记编号可以在船舶登记机关查询。
法律依据
《中华人民共和国船舶登记条例》第十一条