得到政府部门的同意是合法的。《传染病防治法》第42条规定,行政机关有权作出该小区封闭管理的决定。此时行政机关做出小区封闭管理决定,并不构成对公民行动自由权的侵害,是合法
法律依据
《中华人民共和国传染病防治法》第四十二条