农业承包合同纠纷能否申请仲裁,要看具体情况才能确定。如果农业承包合同中有约定出现纠纷时,可以向仲裁机构申请仲裁,那么就可以进行仲裁。但是如果合同中没有约定则不可以申请
法律依据
《仲裁法》第二条,平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷,可以仲裁。