补充协议无效不会影响主合同的效力。补充协议是从合同,不会影响到主合同的效力;如果补充协议无效,则合同当事人仍应当按照主合同的约定履行各自的合同义务。
法律依据
《民法典》第五百一十条,合同生效后,当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的,可以协议补充;不能达成补充协议的,按照合同相关条款或者交易习惯确定。