1、工程款纠纷要去工程所在地或被告所在地人民法院起诉,管辖法院应该是区或者县人民法院。2、拖欠工程款属于民事纠纷,清欠办只负责农民工工资,所以应该在应付工程款之日起三年
法律依据
最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》的解释第二十八条https://www.66law.cn/tiaoli/9705.aspx
https://www.66law.cn/tiaoli/12.aspx