拆迁人和被拆迁人自行协议拆迁补偿是不合法的,因为征收国有土地上的房屋,需要由市、县级人民政府作出房屋征收决定,如果没有市、县级人民政府作出房屋征收决定,则不可以征收房屋
法律依据
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第八条、第十条、第二十五条